Chaque équipe doit choisir les outils et les méthodes appropriés à son PFE.
En matière de gestion de projet en génie logiciel et en génie des technologies de l’information, il est fortement recommandé de choisir un modèle reconnu, comme ISO/IEC 20000; SEMAT; OpenUP ou tout autre modèle reconnu par les professeurs attitrés.