Chaque équipe doit choisir les outils et les méthodes appropriés à son PFE.
En matière de gestion de projet en génie logiciel et en génie des technologies de l’information, il est fortement recommandé de choisir un modèle reconnu, comme par exemple ISO/IEC 20000; SEMAT; OpenUP ou tout autre modèle reconnu par les professeurs attitrés.